Chỉ có các Câu lạc bộ đã là Câu lạc bộ chuyên nghiệp trước ngày 8 tháng 4 năm 2012 và đạt được thứ hạng chuyên môn tại giải thì mới được lên thi đấu ở giải bóng đá Vô địch quốc gia năm 2013. Số lượng Câu lạc bộ chuyển hạng tại mùa giải 2012 được quy định cụ thể như sau:

• Hai Câu lạc bộ xếp hạng cao nhất trong số các Câu lạc bộ Chuyên nghiệp ở giải bóng đá hạng Nhất Quốc gia - Tôn Hoa Sen 2012 sẽ được chuyển lên thi đấu tại giải bóng đá Vô địch quốc gia năm 2013;
• Hai Câu lạc bộ xếp hạng 13, 14 ở giải hạng Nhất Quốc gia - Tôn Hoa Sen 2012 sẽ xuống thi đấu tại giải hạng Nhì năm 2013.[2]